La Fédération Suisse d’Ostéopathie s’engage également à l’échelle cantonale. Cet engagement se traduit par une collaboration directe avec la Conférence des directrices et des directeurs cantonaux de la santé (CDS) ainsi qu’avec les différentes autorités cantonales. Des relations étroites avec les Autorités cantonales (dont les services de la santé publiques) existent grâce à une structuration en sociétés cantonales et intercantonales (SCO/SICO).

La Fédération Suisse d’Ostéopathie représente les intérêts de ses membres notamment auprès des milieux politiques et des autorités. Les sociétés cantonales et intercantonales d’ostéopathie (SCO/SICO) sont responsables des questions régionales de l’ostéopathie. Elles ont par exemple pour tâches d’encourager la formation continue ou de mener des activités de relations publiques. Chaque ostéopathe doit s’affilier à la SCO/SICO du canton dans lequel il·elle exerce. Huit sociétés cantonales et intercantonales d’ostéopathie existent à ce jour en Suisse : 

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